Посмотреть метаданные

Выявление широчайшего спектра локализованных в некодирующих участках генома однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), ассоциированных с заболеваниями человека и патогенетически значимыми признаками, остро поставило вопрос по идентификации механизмов, объясняющих эти связи. Ранее нами выявлен ряд ассоциаций полиморфных вариантов генов, кодирующих белки репарации ДНК, с многофакторными заболеваниями. Для выяснения возможных механизмов, лежащих в их основе, нами проведена подробная аннотация регуляторного потенциала изучаемых маркеров с использованием ряда on-line ресурсов (GTXPortal, VannoPortal, Ensemble, RegulomeDB, Polympact, UCSC, GnomAD, ENCODE, GeneHancer, EpiМap Epigenomics 2021, HaploReg, GWAS4D, JASPAR, ORegAnno, DisGeNet, OMIM). В статье охарактеризован регуляторный потенциал следующих полиморфных вариантов: rs560191 (в гене TP53BP1), rs1805800 и rs709816 (NBN), rs473297 (MRE11), rs189037 и rs1801516 (ATM), rs1799977 (MLH1), rs1805321 (PMS2), rs20579 (LIG1). Приведена как общая характеристика изученных маркеров, так и информация по их влиянию на экспрессию “своего” и корегулируемых генов, на аффинность связывания факторов транскрипции. Рассмотрены опубликованные данные по адаптогенному и патологическому потенциалу этих SNP и о колокализованных с ними модификациях гистонов. Потенциальная вовлеченность на различных уровнях в регуляцию функционирования не только генов, в состав которых входят исследованные маркеры, но и близлежащих генов может объяснять ассоциированность изученных SNP с заболеваниями и их клиническими фенотипами.