Способ повышения эффективности селекции аптамеров к клеточным рецепторам
- Авторы: Кузнецова В.Е.1, Лебедев Т.Д.1, Шершов В.Е.1, Штылев Г.Ф.1, Шишкин И.Ю.1, Мифтахов р.А.1, Бутвиловская В.И.1, Гречишникова И.В.1, Заседателева О.А.1, Чудинов А.В.1
-
Учреждения:
- Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
- Выпуск: Том 51, № 3 (2025)
- Страницы: 451-460
- Раздел: ОБЗОРНАЯ СТАТЬЯ
- URL: https://jdigitaldiagnostics.com/0132-3423/article/view/686963
- DOI: https://doi.org/10.31857/S0132342325030081
- EDN: https://elibrary.ru/KQMRJH
- ID: 686963
Цитировать
Аннотация
Предложен способ повышения эффективности селекции аптамеров к клеточным рецепторам методом cell-Selex, в частности к рецепторной тирозинкиназе с-KIT. Использование Tween 20 в составе буферных растворов в концентрации, не превышающей 0.01%, а также трипсинолиз поверхностных белков на стадии элюции связавшейся с поверхностью клеток комбинаторной библиотеки олигонуклеотидов привело к повышению специфичности аптамеров и уменьшению неспецифической сорбции согласно результатам флуоресцентной микроскопии, термофлуориметрического анализа и высокоточного секвенирования.
Ключевые слова
Полный текст

Об авторах
В. Е. Кузнецова
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Автор, ответственный за переписку.
Email: kuzneimb@gmail.com
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
Т. Д. Лебедев
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Email: kuzneimb@gmail.com
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
В. Е. Шершов
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Email: kuzneimb@gmail.com
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
Г. Ф. Штылев
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Email: kuzneimb@gmail.com
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
И. Ю. Шишкин
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Email: kuzneimb@gmail.com
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
р. А. Мифтахов
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Email: kuzneimb@gmail.com
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
В. И. Бутвиловская
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Email: kuzneimb@gmail.com
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
И. В. Гречишникова
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Email: kuzneimb@gmail.com
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
О. А. Заседателева
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Email: kuzneimb@gmail.com
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
А. В. Чудинов
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Email: kuzneimb@gmail.com
Россия, 119991 Москва, ул. Вавилова, 32
Список литературы
- Liu H., Chen X., Focia P., He X. // EMBO J. 2007. V. 26. P. 891–901. https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7601545
- Camorani S., Crescenzi E., Fedele M., Cerchia L. // Biochim. Biophys. Acta Rev. Cancer. 2018. V. 1869. P. 263–277. https://doi.org/10.1016/j.bbcan.2018.03.003
- Рулина А.В., Спирин П.В., Прасолов В.С. // Усп. биол. химии. 2010. T. 50. C. 349–386.
- Bibi S., Langenfeld F., Jeanningros S., Brenet F., Soucie E., Hermine O., Damaj G., Dubreuil P., Arock M. // Immunol. Allergy Clin. North Am. 2014. V. 34. P. 239–262. https://doi.org/10.1016/j.iac.2014.01.009
- Kövecsi A., Jung I., Szentirmay Z., Bara T., Bara T., Jr., Popa D., Gurzu S. // Oncotarget. 2017. V. 8. P. 55950– 55957. https://doi.org/10.18632/oncotarget.19116
- Sankhala K.K. // Expert Opin. Investig. Drugs. 2017. V. 26. P. 427–443. https://doi.org/10.1080/13543784.2017.1303045
- Hicke B.J., Marion C., Chang Y.-F., Gould T., Lynott C.K., Parma D., Schmidt P.G., Warren S. // J. Biol. Chem. 2001. V. 276. P. 48644–48654. https://doi.org/10.1074/jbc.m104651200
- Zhang Y., Chen Y., Han D., Ocsoy I., Tan W. // Bioanalysis. 2010. V. 2. P. 907–918. https://doi.org/10.4155/bio.10.46
- Wang C., Zhang M., Yang G., Zhang D., Ding H., Wang H., Fan M, Shen B., Shao N. // J. Biotechnol. 2003.V. 102. P. 15–22. https://doi.org/10.1016/s0168-1656(02)00360-7
- Cerhia L., Hamm J., Libri D., Tavitian B., Franciscis B. // FEBS Lett. 2002. V. 528. P. 12–16. https://doi.org/10.1016/s0014-5793(02)03275-1
- Blank M., Weinschenk T., Priemer M., Schluesener H. // J. Biol. Chem. 2001. V. 276. P. 16464–16468. https://doi.org/10.1074/jbc.m100347200
- Daniels D.A., Chen H., Hicke B.J., Swiderek K.M., Gold L. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V. 100. P. 15416–15421. https://doi.org/10.1073/pnas.2136683100
- Laos R., Thomson J.M., Benner S.A. // Front. Microbiol. 2014. V. 5. P. 565. https://doi.org/10.3389/fmicb.2014.00565
- Tuerk C., Gold L. // Science. 1990. V. 249. P. 505–510. https://doi.org/10.1126/SCIENCE.2200121
- Ellington A.D., Szostak J.W. // Nature. 1990. V. 346. P. 818–822. https://doi.org/10.1038/346818a0
- Zhu G., Zhang H., Jacobson O., Wang Z., Chen H., Yang X., Niu G., Chen X. // Bioconj. Chem. 2017. V. 28. P. 1068–1075. https://doi.org/10.1021/acs.bioconjchem.6b00746
- Wang D.L., Songc Y.L., Zhu Z., Li X.L., Zou Y., Yang H.T., Wang J.J., Yao P.S., Pan R.J., Yang C.J., Kang D.Z. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2014. V. 453. P. 681–685. https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2014.09.023
- Hollenstein M. // Molecules. 2012. V. 17. P. 13569– 13591. https://doi.org/10.3390/molecules171113569
- Gold L., Ayers D., Bertino J, Bock C., Bock A., Brody E.N., Carter J., Dalby A.B., Eaton B.E., Fitzwater T., Flather D., Forbes A., Foreman T., Fowler C., Gawande B., Goss M., Gunn M., Gupta S., Halladay D., Heil J., Heilig J., Hicke B., Husar G., Janjic N., Jarvis T., Jennings S., Katilius E., Keeney T.R., Kim N., Koch T.H., Kraemer S., Kroiss L., Le N., Levine D., Lindsey W., Lollo B., Mayfield W., Mehan M., Mehler R., Nelson S.K., Nelson M., Nieuwlandt D., Nikrad M., Ochsner U., Ostroff R.M., Otis M., Parker T., Pietrasiewicz S., Resnicow D.I., Rohloff J., Sanders G., Sattin S., Schneider D., Singer B., Stanton M., Sterkel A., Stewart A., Stratford S., Vaught J.D., Vrkljan M., Walker J.J., Watrobka M., Waugh S., Weiss A., Wilcox S.K., Wolfson A., Wolk S.K., Zhang C., Zichi D. // PLoS One. 2010. V. 5. P. e15004. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0015004
- Sefah K., Shangguan D., Xiong X., O’Donoghue M.B., Tan W. // Nat. Protoc. 2010. V. 5. P. 1169–1185. https://doi.org/10.1038/nprot.2010.66
- Вагапова Э.Р., Лебедев Т.Д., Попенко В.И., Леонова О.Г., Спирин П.В., Прасолов В.С. // Act. Nat. 2020. Т. 12. C. 51–55. https://doi.org/10.32607/actanaturae.10938
- Lebedev T.D., Vagapova E.R., Popenko V.I., Leonova O.G., Spirin P.V., Prassolov V.S. // Front. Oncol. 2019. V. 9. P. 1046. https://doi.org/10.3389/fonc.2019.01046
- Meyer S., Maufort J.P., Nie J., Stewart R., McIntosh B.E., Conti L.R., Ahmad K.M., Soh H.T., Thomson J.A. // PLoS One. 2013. V. 8. P. e71798. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0071798
- Chudinov A.V., Shershov V.E., Pavlov A.S., Volkova O.S., Kuznetsova V.E., Zasedatelev A.S., Lapa S.A. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2020. V. 46. P. 856–858. https://doi.org/10.1134/S1068162020050064
- Vasiliskov V.A., Lapa S.A., Kuznetsova V.E., Surzhikov S.A., Shershov V.E., Spitsyn M.A., Guseinov T.O., Miftahov R.A., Zasedateleva O.A., Lisitsa A.V., Radko S.P., Zasedatelev A.S., Timofeev E.N., Chudinov A.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2019. V. 45. P. 221–223. https://doi.org/10.1134/s1068162019030063
- Chudinov A.V., Kiseleva Y.Y., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Spitsyn M.A., Guseinov T.O., Lapa S.A., Timofeev E.N., Archakov A.I., Lisitsa A.V., Radko S.P., Zasedatelevet A.S. // Mol Biol. 2017. V. 51. P. 474–482. https://doi.org/10.1134/S0026893317030025
- Lapa S.A., Pavlov A.S., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Spitsyn M.A., Guseinov T.O., Radko S.P., Zasedatelev A.S., Lisitsa A.V., Chudinov A.V. // Mol. Biol. 2019. V. 53. P. 460–469. https://doi.org/10.1134/S0026893319030099
- Lyu Y., Chen G., Shangguan D., Zhang L., Wan S., Wu Y., Zhang H., Duan L., Liu C., You M., Wang J., Tan W. // Theranostics. 2016. V. 6. P. 1440–1452. https://doi.org/10.7150/thno.15666
- Cerchia L., Duconge F., Pestourie C., Boulay J., Aissouni Y. // PLoS Biol. 2005. V. 3. P. e123. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0030123
- McKeague M., Derosa M.C. // J. Nucleic Acids. 2012. V. 2012. P. 748913. https://doi.org/10.1155/2012/748913
- Ouellet E., Foley J.H., Conway E.M., Haynes C. // Biotechnol. Bioeng. 2015. V. 112. P. 1506–1522. https://doi.org/10.1002/bit.25581
- Kissmann A.K., Bolotnikov G., Li R., Müller F., Xing H., Krämer M., Gottschalk K.E., Andersson J., Weil T., Rosenau F. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2024. V. 108. P. 284. https://doi.org/10.1007/s00253-024-13085-7
- Zhang H.L., Lv C., Li Z.H., Jiang S., Cai D., Liu S.S., Wang T., Zhang K.H. // Front. Chem. 2023. V. 11. P. 1144347. https://doi.org/10.3389/fchem.2023.1144347
- Ouellet E, Lagally E.T., Cheung K.C., Haynes C.A. // Biotechnology. 2014. V. 111. P. 2265–2279. https://doi.org/10.1002/bit.25294
- Schutze T., Arndt P., Menger M., Wochner A., Vingron M., Erdmann V., Lehrach H., Kaps Ch., Glokler J. // Nucleic Acids Res. 2009. V. 38. P. e23. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0029604
- Pearson K., Doherty C., Zhang D., Becker N.A., Maher L.J. // Anal. Biochem. 2022. V. 650. P. 114712. https://doi.org/10.1016/j.ab.2022.114712
- Raber H.F., Kubiczek D.H., Bodenberger N., Kissmann A.K., D’souza D., Xing H., Mayer D., Xu P., Knippschild U., Spellerberg B., Weil T., Rosenau F. // Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. P. 10425. https://doi.org/10.3390/ijms221910425
- Catuogno S., Esposito C.L. // Biomedicines. 2017. V. 5. P. 49. https://doi.org/10.3390/biomedicines5030049
- Flanagan Sh.P., Fogel R., Edkins A.L., Ho L., Limson J. // Anal. Methods. 2021. V. 13. P. 1191–1203. https://doi.org/10.1039/d0ay01878c
- Shangguan D., Meng L., Cao Z.C., Xiao Z., Fang X., Li Y., Cardona D., Witek R.P., Liu C., Tan W. // Anal. Chem. 2008. V. 80. P. 721–728. https://doi.org/10.1021/ac701962v
- Cherney L.T., Obrecht N.M., Krylov S.N. // Anal. Chem. 2013. V. 85. P. 4157–4164. https://doi.org/10.1021/ac400385v
- Mayer G., Ahmed M.S., Dolf A. // Nat. Protoc. 2010. V. 5. P. 1993–2004. https://doi.org/10.1038/nprot.2010.163
- Xiong L., Xia M., Wang Q., Meng Z., Zhang J., Yu G., Dong Z., Lu Y., Sun Y. // Biotechnol. Lett. 2022. V. 44. P. 777–786. https://doi.org/10.1007/s10529-022-03252-z
- Hua T., Zhang X., Tang B., Chang Ch., Liu G., Feng L., Yu Y., Zhang D., Hou J. // BMC Vet. Res. 2018. V. 14. P. 138. https://doi.org/10.1186/s12917-018-1457-5
- Zhang Y., Wu Y., Zheng H., Xi H., Ye T., Chan C.Y., Kwok C.K. // Anal. Chem. 2021. V. 93. P. 5744–5753. https://doi.org/10.1021/acs.analchem.0c04862
- Замай А.С., Замай Г.С., Коловская О.С., Замай Т.Н., Березовский М.В. // Патент RU2518368С1, 2012.
- Zhang K., Sefah K., Tang L., Zhao Z., Zhu G., Ye M., Sun W., Goodison S., Tan W. // ChemMedChem. 2012. V. 7. P. 79–84. https://doi.org/10.1002/cmdc.201100457
- Gu L., Yan W., Liu S., Ren W., Lyu M., Wang S. // Anal. Biochem. 2018. V. 561–562. P. 89–95. https://doi.org/10.1016/j.ab.2018.09.004
Дополнительные файлы
