Отправить статью по E-mail 
Углеводородокисляющие бактерии донных экотопов Баренцева и Печорского морей
- Авторы: Пыркин В.О.1, Гавирова Л.А.1, Строева А.Р.1, Меркель А.Ю.2, Видищева О.Н.1, Калмыков А.Г.1, Бонч-Осмоловская Е.А.1,2
-
Учреждения:
- Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
- Институт микробиологии им. С.Н. Виноградского, ФИЦ “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН
- Выпуск: Том 93, № 3 (2024)
- Страницы: 330-335
- Раздел: КРАТКИЕ СООБЩЕНИЯ
- URL: https://jdigitaldiagnostics.com/0026-3656/article/view/655103
- DOI: https://doi.org/10.31857/S0026365624030081
- ID: 655103
Цитировать
Открытый доступ
Доступ предоставлен
Аннотация
Микроорганизмы, способные к утилизации углеводородов, являются естественными компонентами микробных сообществ природных местообитаний и играют важную роль в самоочищении морских акваторий от нефтяных загрязнений. С помощью высокопроизводительного секвенирования вариабельного участка V4 гена 16S рРНК был проведен анализ микробных сообществ Баренцева и Печорского морей, а также микрокосмов, полученных на спектре углеводородных субстратов: нефть, н-нонан, н-ундекан и фенантрен. Сообщества углеводородокисляющих микроорганизмов Баренцева моря характеризуются доминированием родов Pseudoalteromonas, Pseudomonas, Porticoccus, Oleispira, в то время как углеводородокисляющие сообщества Печорского моря содержат бактерии родов Rhodococcus, Dietzia, Sphingorhabdus и Hyphomonas. Чистые культуры этих организмов продемонстрировали способность к использованию основных углеводородов нефти: н-алканов, циклоалканов и ароматических соединений.
Полный текст
Об авторах
В. О. Пыркин
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Автор, ответственный за переписку.
Email: vladisluw@yandex.ru
Россия, Москва
Л. А. Гавирова
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: vladisluw@yandex.ru
Россия, Москва
А. Р. Строева
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: vladisluw@yandex.ru
Россия, Москва
А. Ю. Меркель
Институт микробиологии им. С.Н. Виноградского, ФИЦ “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН
Email: vladisluw@yandex.ru
Россия, Москва
О. Н. Видищева
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: vladisluw@yandex.ru
Россия, Москва
А. Г. Калмыков
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: vladisluw@yandex.ru
Россия, Москва
Е. А. Бонч-Осмоловская
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова; Институт микробиологии им. С.Н. Виноградского, ФИЦ “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН
Email: vladisluw@yandex.ru
Россия, Москва; Москва
Список литературы
- Гордадзе Г. Н., Гируц М. В., Пошибаева А. Р., Кошелев В. Н. Химия нефти с основами органической геохимии. М.: РГУ нефти и газа имени И. М. Губкина, 2015. 80 с.
- Еремин Н. А., Кондратюк А. Т., Еремин А. Н. Ресурсная база нефти и газа арктического шельфа России // Георесурсы, геоэнергетика, геополитика. 2010. № 1 (1). С. 23.
- Меркель А. Ю., Тарновецкий И. Ю., Подосокорская О. А., Тощаков С. В. Анализ систем праймеров на ген 16S рРНК для профилирования термофильных микробных сообществ // Микробиология. 2019. Т. 88. С. 655–664.
- Merkel A. Yu., Tarnovetskii I. Yu., Podosokorskaya O. A., Toshchakov S. V. Analysis of 16S rRNA primer systems for profiling of thermophilic microbial communities // Microbiology (Moscow). 2019. V. 88. P. 671–681.
- Патин С. А. Нефть и экология континентального шельфа. М.: Издательство ВНИРО, 2017. 284 с.
- Callahan B. J., McMurdie P.J., Rosen M. J., Han A. W., Johnson A. J.A., Holmes S. P. DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data // Nature Methods. 2016. V. 13. P. 581–583.
- Caruso V., Song X., Asquith M., Karstens L. Performance of microbiome sequence inference methods in environments with varying biomass // MSystems. 2019. V. 4. https://doi.org/10.1128/msystems.00163–18.
- De Carvalho C. C.C.R., Costa S. S., Fernandes P., Couto I., Viveiros M. Membrane transport systems and the biodegradation potential and pathogenicity of genus Rhodococcus // Front. Physiol. 2014. V. 5. Art. 133.
- Fisher S. J., Alexander R., Kagi R. I., Oliver G. A. Aromatic hydrocarbons as indicators of biodegradation in north Western Australian reservoirs // Sedimentary Basins of Western Australia: West Australian Basins Symposium / Ed. Purcell P. G., Purcell R. R. Perth, 1998. P. 185–194.
- Gohl D. M., Vangay P., Garbe J., MacLean A., Hauge A., Becker A., Beckman K. B. Systematic improvement of amplicon marker gene methods for increased accuracy in microbiome studies // Nature Biotechnol. 2016. V. 34. P. 942–949.
- Hugerth L. W., Wefer H. A., Lundin S., Jakobsson H. E., Lindberg M., Rodin S., Andersson A. F. DegePrime, a program for degenerate primer design for broad-taxonomic-range PCR in microbial ecology studies // Appl. Environ. Microbiol. 2014. V. 80. P. 5116–5123.
- Lea-Smith D.J., Biller S. J., Davey M. P., Cotton C. A., Perez Sepulveda B. M., Turchyn A. V., Howe C. J. Contribution of cyanobacterial alkane production to the ocean hydrocarbon cycle // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2015. V. 112. P. 13591–13596.
- Nõlvak H., Dang N. P., Truu M., Peeb A., Tiirik K., O’Sadnick M., Truu J. Microbial community dynamics during biodegradation of crude oil and its response to biostimulation in Svalbard seawater at low temperature // Microorganisms. 2021. V. 9. Art. 2425.
- Quast C., Pruesse E., Yilmaz P., Gerken J., Schweer T., Yarza P., Glöckner F. O. The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools // Nucl. Acids Res. 2012. V. 41. D1. P. D590–D596.
- Rogozhin V., Osadchiev A., Konovalova O. Structure and variability of the Pechora plume in the southeastern part of the Barents Sea // Front. Mar. Sci. 2023. V. 10. Art. 1052044.
- Wang X. B., Chi C. Q., Nie Y., Tang Y. Q., Tan Y., Wu G., Wu X. L. Degradation of petroleum hydrocarbons (C6–C40) and crude oil by a novel Dietzia strain // Bioresour. Technol. 2011. V. 102. P. 7755–7761.
Дополнительные файлы
